Fiecare stat a desemnat câte o Autoritate Națională al cărei rol este de a răspunde pentru crearea și funcționarea sistemelor de gestionare și de control la nivel național.
Astfel, în România a fost desemnat Ministerul Dezvoltării Regionale și Administrației Publice drept Autoritate Națională, iar în Ucraina a fost desemnat Ministerul Dezvoltării Economice și Comerțului.
Autoritățile Naţionale sprijină Autoritatea de Management și Secretariatul Tehnic Comun în monitorizarea proiectelor pe teritoriul propriu, facilitează comunicarea cu beneficiarii etc.
Autoritățile Naționale oferă sprijin Autorității de Management pentru stabilirea criiteriilor de evaluare şi prevederilor contractuale, asigurând conformitatea cu legislația națională.